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被病原菌污染的原料不能用于生物有机肥料的生产。但自然界中许多有机源或多或少地带有病原微生物。例如染了病害的植物秸秆和藤蔓一般都采用焚烧的方式以免下茬作物再次发病。现在为了保护环境禁止秸秆焚烧，如何处理染病秸秆呢？养殖业产生的大量畜禽粪便，特别是染病后的畜禽粪便更需要无害化处理。最好的办法就是将这些染病的有机源集中起来，经充分的发酵，就能使污染的废弃物变为有用的肥料，并避免病害的扩大传染。

发酵过程是在有一定水分的条件下升温的过程。大多病原微生物在60℃左右都会死亡，即使遇到高温处于休眠的芽孢杆菌虽然可短暂耐受高温，但发酵过程是在有水条件下由低温到高温的过程，形成芽孢的菌体在有水和20~30℃时都会萌发，萌发的生长体不能抵抗高温。当发酵温度上升到60℃以上都会死亡。抗热的芽孢形成需要干燥的环境，在潮湿的发酵环境中的病菌无法形成芽孢。总之，用发酵法处理带病菌的有机源制成的有机肥不再带有病原菌，长期使用发酵充分的有机肥，庄稼、果树等病害越来越少，农药使用量越来越少，农产品品质越来越高。成本投入少，市场收入高。

在生产微生物肥时常常需要载体吸附菌体，不清洁的载体甚至有时会污染上病原菌。为了保证菌种的洁净度必须对菌种载体进行蒸汽灭菌，在没有蒸汽灭菌条件的情况下，可以将载体充分发酵后再使用是一个不错的方法，可以免去蒸汽灭菌步骤，又可防止疾病的传染。